GRIB. Research Unit on Biomedical Informatics





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Innovación abierta para mejorar la evaluación de la seguridad de los medicamentos

La prestigiosa revista científica Nature Reviews Drug Discovery acaba de publicar un comentario donde se muestran los excelentes resultados del proyecto eTOX que ha permitido un nuevo modelo de colaboración de las industrias farmacéuticas entre sí y también entre estas y el mundo académico, en el que se comparten datos y conocimientos con el fin de mejorar la evaluación toxicológica de los fármacos.

Más allá de los resultados obtenidos, que son extremadamente valiosos, el proyecto es un modelo de innovación abierta -Open Innovation- dónde diferentes actores públicos y privados se alían y colaboran activamente. 

"Con el proyecto eTOX hemos empezado vislumbrar el potencial de estos datos para construir modelos predictivos capaces de predecir efectos in vivo. Sin embargo, hay que incorporar efectos toxicodinámicos y analizar hasta qué punto los datos experimentales y las predicciones son extrapolables al ser humano. Con esta finalidad acabamos de iniciar el nuevo proyecto eTRANSAFE" explica Ferran Sanz, coordinador del proyecto y Director del GRIB (IMIM - UPF).

Un valor añadido del proyecto eTOX es el desarrollo de tecnologías que facilitan la transferencia de resultados de investigación a las empresas y la generación de resultados sostenibles, que pueden continuar siendo utilizados más allá de la finalización del proyecto.

Artículo de referencia: "Legacy data sharing to improve drug safety assessment: the eTOX project" Ferran Sanz, François Pognan, Thomas Steger-Hartmann, Carlos Díaz and eTOX (including Manuel Pastor). Nature Reviews Drug Discovery, 2017.

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Graphic abstract of the article - Cell Reports

Alternative splicing, an important mechanism for understanding cancer

Using data for more than 4,000 cancer patients from The Cancer Genome Atlas (TCGA project), a team led by Eduardo Eyras, ICREA research professor at the UPF and head of the Computational RNA Biology group of GRIB (IMIM-UPF) jointly with the Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute in San Diego has analyzed the changes in alternative splicing that occur in each tumor patient and studied how these changes could impact the function of genes. The results of the study, published in the journal Cell Reports, show that alternative splicing changes lead to a general loss of functional protein domains, and particularly those domains related to functions that are also affected by genetic mutations in cancer patients.

"Thanks to our previous research, we know that tumor type and stage can be predicted by observing alterations in alternative splicing", says E.Eyras, and adds, "with this new study, we have discovered that changes in alternative splicing that occur in cancer impact protein functions in a way that is similar to that previously described for genetic mutations".

Reference work: Climente-González, Héctor, Eduard Porta-Pardo, Adam Godzik, Eduardo Eyras. "The Functional Impact of Alternative Splicing in Cancer". Cell Reports, 2017; 20 (9): 2215-2226.

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Last project

eTRANSAFE

The project eTRANSAFE: Enhancing Translational Safety Assessment through Integrative Knowledge Management, aims to develop an advanced data integration infrastructure together with innovative computational methods to improve the security in drug development process. The project is funded by the Innovative Medicines Initiative (IMI 2) together with the pharmaceutical industry for the period 2017-2022 and is coordinated by the GRIB. 

http://www.etransafe.eu/

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Last publications

  • Sanz F, Pognan F, Steger-Hartmann T, Díaz C, Cases M, Pastor M, Marc P, Wichard J, Briggs K, Watson DK, Kleinöder T, Yang C, Amberg A, Beaumont M, Brookes AJ, Brunak S, Cronin MTD, Ecker GF, Escher S, Greene N, Guzmán A, Hersey A, Jacques P, Lammens L et al. Legacy data sharing to improve drug safety assessment: the eTOX project. Nature Reviews Drug Discovery, 2017 DOI: 10.1038/nrd.2017.177.
  • Gutiérrez-Sacristán A, Hernández-Ferrer C, González JR, Furlong LI. Psygenet2r: a R/Bioconductor package for the analysis of psychiatric disease genes. Bioinformatics, 2017. PMID: 28961763 . DOI: 10.1093/bioinformatics/btx506.
  • Plattner N, Doerr S, De Fabritiis G, Noé F. Complete protein-protein association kinetics in atomic detail revealed by molecular dynamics simulations and Markov modelling. Nat Chem, 2017; 9(10): 1005-1011. PMID: 28937668 . DOI: 10.1038/nchem.2785.
  • Marín-López MA, Planas-Iglesias J, Aguirre-Plans J, Bonet J, Garcia-Garcia J, Fernandez-Fuentes N, Oliva B. On the mechanisms of protein interactions: predicting their affinity from unbound tertiary structures. Bioinformatics, 2017. PMID: 29028891 .

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